《潍坊医学院学报》原名《昌潍医学院学报》，创刊于1979年，半年刊，内部发行，1980年改为季刊，1987年随学院院名的更改，学报亦于1988年随之更名为《潍坊医学院学报》。1991年经国家科委同意，由国家新闻出版署批准《潍坊医学院学报》为国内外公开发行的学术性期刊，刊号为CN37-1195/R,ISSN 1004-3101,CODEN WYIXEF,自2003年始学报改刊期为双月刊,每年双月份出版发行。从1997年起学报版式由小16开本（188mm×260mm）,改为国际标准的大16开本（210mm×297mm），季刊，期字数约16万字。学报栏目主要有：基础医学、临床医学、经验交流、短篇报道、技术革新、研究简报等。学报严格施行“三审一定制”，目前有编委成员48人，书记、院长分别兼任学报的主编和副主编，学报严格执行国家的有关标准和规范。学报目前已经加入清华大学电子杂志社的光盘版，通过登陆中国知网和万方数据知识服务平台浏览学报内容。至2016年12月《潍坊医学院学报》已出版38卷总164期,发表论文4300余篇,约1800余万字。

《潍坊医学院学报》在1989年全国高等医学院校自然科学学报质量评比中荣获优秀编辑奖；1990年在山东省科委、山东省科协、山东省新闻出版局举办的第一届科技期刊质量评比中荣获优秀科技期刊三等奖；1995年在国家教委科技司组织的全国高校学报“三优”评比中荣获优秀学报三等奖；1997年获潍坊市荣誉十佳期刊称号；1998年获潍坊市优秀期刊,《学报》在2000年首届中国学术期刊（光盘版）编辑委员会、《中国学术期刊（光盘版）检索与评价数据规范》执行评优活动组织委员会组织的评比中荣获《CAJ-CD规范》执行优秀奖；2007年至2016年多次被山东省新闻出版局评为山东省优秀科技期刊。